Cal tenir en compte diversos factors a l'hora d'emmagatzemar el paper d'embalatge per garantir-ne la qualitat.
Pel que fa a la temperatura, s'ha de mantenir entre 10 i 30 graus. Una temperatura excessiva pot provocar que el paper es deformi i que la cola s'estovi; una temperatura excessivament baixa farà que el paper sigui trencadís i es faci malbé fàcilment.
El control de la humitat és crucial; la humitat relativa s'hauria de mantenir idealment entre el 40% i el 60%. L'excés d'humitat pot fer que el paper es torni humit i florit, i que disminueixi la seva força; una humitat excessivament baixa pot fer que el paper s'assequi i s'esquerde i generi electricitat estàtica.
L'entorn d'emmagatzematge s'ha de mantenir net i ben-ventilat, evitant l'acumulació de pols i residus per evitar la contaminació del paper d'embalatge. També s'ha de mantenir allunyat de fonts d'aigua i substàncies corrosives per evitar la humitat i la corrosió.
Quan s'emmagatzema, el paper d'embalatge s'ha d'apilar ordenadament per evitar la compressió i la deformació. Per a paper amb formes o estructures especials, es poden utilitzar prestatges especials o àrees d'emmagatzematge separades. A més, s'han de prendre mesures de control d'insectes i rosegadors, com ara col·locar repel·lents d'insectes, per evitar danys a les bosses i caixes de paper.
